然而，当时的雷达研究界普遍认为：“虽然米波雷达具有探测隐身飞机的独特优势，但它的诸多劣势是难以克服的，米波雷达终究难以担当骨干雷达的重任。” 面对几乎一边倒的传统思维，吴剑旗以一位雷达人独特的敏锐“嗅觉”捕捉到米波雷达的巨大潜力。他下定决心攻克提升米波雷达性能的技术难题：“科研工作者的职责就是攻克技术难题。我有信心革新米波雷达体制，我已经做好了打持久战的准备。”

就这样，没有可以借鉴的成功经验，没有可以模仿的典型案例，没有可以参考的经典教材，只有这支雷达科研团队为国防事业奉献青春的一腔热血。吴剑旗带着他的团队致力于研究反隐身雷达体制，一做就是二十一年光阴。他从空间分集和超分辨处理两个技术路径进行了大胆创新：一是创立具有空间分集作用的稀布阵综合脉冲孔径雷达体制，二是率先使用超分辨处理和分区保形波束设计方法提高测高精度和改善空域覆盖性能。二十一年间，怀着科技报国的信念，吴剑旗以不达目的誓不罢休的韧劲和决心，从理论模型的建立、仿真分析、试验系统到实用装备，在雷达研究史上留下了艰难摸索、奋力前行的脚步。2001年，他的团队完成了课题研究；2012年，完成了世界上首个实用系统研制。吴剑旗用科技创新的力量创造了奇迹，使先进米波雷达具有良好的低仰角空域覆盖性能和精确的测高性能，以较低代价成功解决了雷达反隐身问题，为我国探索出了一条高效、经济的反隐身装备建设之路。

而同时，在遥远的法国，类似的研究也已在同期启动，但是人们只看到了开端，却没有等到结果。

作为一名雷达科研工作者，吴剑旗早已将个人价值融入科技创新和国防事业发展：“技术创新的过程就是实现自我价值的过程。我们通过创新，研制了采购和使用成本都不高的高性能米波雷达，相比美国花巨资打造的隐身突防能力，用小的代价解决反隐身的国防安全大的问题，避免了掉入高昂的军备竞赛陷阱,这正是雷达工作者的人生价值所在。”