岁月如梭，转眼又是千年。

    黄昏，加勒比海岸。一个面目清秀的少年正在等待父亲的返航归来，他不知道自己的父亲就是加勒比海的海盗王，他也不知道加勒比海的海盗王正在被伊朵米诺大陆的统治者所通缉。现在，伊朵米诺大陆的统治者又已更新换代，当年的六国早已化成砂砾湮没在历史的长河中，伊朵米诺大陆的最新统治者是伊帕兰女皇。海盗们用掠夺来的宝藏将一直备受排挤的伊帕兰王族推上了王座，可没过多久，伊帕兰女皇就将海盗们送上了绞架。

    那天晚上，他没有等来父亲，却遭到了绑架。他后来得知，为了得到伊帕兰女皇悬赏的50块黄金，父亲的手下背叛了他，想用自己引父亲上钩。几天后，他第一次上了绞架，并没有恐惧，只是望着脚下的大海想来生一定要做个勇敢的海盗。当然他并没有等到来生。那一天，海盗王率领十几名海盗在众目睽睽之下救走了自己的儿子后又从容地离开，在场的所有人都目瞪口呆。

    他真的成了海盗，弄来一艘双桅战舰，招来几名水手，让大家称他为“杰克船长”。在一场混乱的海战中，他的战舰被海军摧毁，自己也误打误撞混入了海军队伍。接着，他遇到了将终生追随的那艘“黑珍珠”号。海军要用这艘船只运送货物，选中杰克做她的船长。这艘据说当时航速最快的船只拥有非凡的力量，让自命不凡的杰克船长一见倾心。在运送途中，正义的杰克船长发现所谓的货物竟然是战俘与奴隶，便释放了他们。得知消息的海军盛怒下竟将“黑珍珠”号摧毁。

    杰克船长保住了命，却失去了“黑珍珠”号。后来他遇到了卡吕普索的老情人——海上魔王戴维•琼斯，以灵魂为代价换回了心爱的舰船。很多年以后，“加勒比海盗王”这个原本属于他父亲的名号变成了他的。不过，他还是最喜欢别人叫他“杰克船长”。